2006年1月John Resig等人创建了jQuery；8月，jQuery的第一个稳定版本，并且已经支持CSS选择符、事件处理和AJAX交互。
2007年7月，jQuery 1.1.3版发布，这次小版本的变化包含了对jQuery选择符引擎执行速度的显著提升。从这个版本开始，jQuery的性能达到了Prototype、Mootools以及Dojo等同类JavaScript库的水平。同年9月，jQuery 1.2版发布，它去掉了对XPath选择符的支持，原因是相对于CSS语法它已经变得多余了。这一版能够对效果进行更为灵活的定制，而且借助新增的命名空间事件，也使插件开发变得更容易。同时，jQuery UI项目也开始启动，这个新的套件是作为曾经流行但已过时的Interface插件的替代项目而发布的。jQuery UI中包含大量预定义好的部件（widget），以及一组用于构建高级元素（例如可拖放、拖拽、排序）的工具。
2008年5月，jQuery 1.2.6版发布，这版主要是将Brandon Aaron开发的流行的Dimensions插件的功能移植到了核心库中，同时也修改了许多BUG，而且有不少的性能得到提高。因此，如果以前的jQuery版本升级到1.2.6，那么完全可以从代码中排除Dimensions插件（一个获得元素尺寸、定位的插件）。
在jQuery迅速发展的同时，一些大的厂商也看中了商机。2009年9月，微软和诺基亚公司正式宣布支持开源的jQuery库，另外，微软公司还宣称他们将把jQuery作为Visual Studio工具集的一部分。他将提供包括jQuery的智能提示、代码片段、示例文档编制等内容在内的功能。微软和诺基亚公司将长期成为jQuery的用户成员，其他成员还有Google，Intel，IBM，Intuit等公司。
2009年1月，jQuery 1.3版发布，它使用了全新的选择符引擎Sizzle，在各个浏览器下全面超越其他同类型JavaScript框架的查询速度，程序库的性能也因此有了极大提升。这一版本的第2个变化就是提供live()方法，使用live()方法可以为当前及将来增加的元素绑定事件，在1.3版之前，如果要为将来增加的元素绑定事件，需要使用livequery插件，而在1.3版中，可以直接用live()方法。
2010年1月，也是jQuery的四周年生日，jQuery 1.4版发布，为了庆祝jQuery四周岁生日，jQuery团队特别创建了jquery14.com站点，带来了连续14天的新版本专题介绍。
在1.3及更早版本中，jQuery通过JavaScript的eval方法来解析json对象。在1.4中，如果你用的浏览器支持，则会使用原生的JSON.parse解析json对象，这样对json对象的书写验证则更为严格。比如：{foo: "bar"}的写法将不会被验证为合法的json对象，必须写成{"foo":"bar"}。如果你的程序打算升级到1.4版本，那么这一点要尤其注意。